Usuários que utilizam programas em Java, podem enfrentar problemas com o compiz ativado.

Eu particularmente utilizo diariamente três programas feitos em Java: Zend Studio, Mercury Messenger e jsms.

Tive problemas ao rodar o Zend com o Compiz ativo, ficava completamente cinza.

Porém a solução é bastante simples.

vim ZendStudio-5.5.0/Zend_Development_Environment

Adicione na segunda linha o seguinte código:

Pronto! Seus aplicativos Java rodaram normalmente com o Compiz ativado.
Lembrando que a dica acima é feita com o Zend Studio, mas serve para qualquer aplicativo Java.